TeselaGen:打造合成生物学快速原型平台
随着DNA测序和合成的成本大幅下降,硅谷涌现出了一批计算机生物科技创业公司。
TeselaGen是一家为生物实验室提供中间软件的公司,帮助它们快速设计和迭代新的DNA结构。这家公司正在开发一些工具,希望能够帮助研究人员建立和管理湿件实验(wetware experiment),并从实验设备中解读数据。他们跟Genome Compiler、Transcriptic和SV Angel支持的Benchling这些创业公司一样,都在尝试将生物软件变得更加简便,并加快生物研究的流程。
“我们的目标是终结‘设计—建造—测试—改进’这一循环。”TeselaGen的CEO迈克·费罗(Mike Fero)如是说,他曾经是斯坦福大学的一名研究人员,专注于蛋白质定位的研究。他之前也是一家叫做Neomorphics的基因计算公司的副总裁,该公司于2000年被Affymetrix收购。“我们想要缩短构建DNA所需的时间,并减少实验的次数。”
生物科技跟软件的世界不一样,你不能随时“编译”或者“运行”基因编码(你可以通过这个比喻来理解,细胞就像是一台小型生物电脑,可以运算出DNA)。这个过程会存在延迟时间,研究人员需要在实验室内将不同的DNA部分拼接在一起,然后将它们植入到主细胞中,测试并观察这些细胞是否能够正确生成特定的酶。
与此同时,生物学家可能会想测试单个设计的10,000种不同的变体,每种变体都有轻微的改变。从现在来看,每一次这种构建所需的合成成本都非常高。费罗希望TeselaGen正在开发的一些产品能够降低测试这种大量组合的成本。
TeselaGen已经为此做出了能够帮助研究人员查看并编辑基因序列的可视化工具(见上图),他们的这种做法与Benchling和Genome Compiler所做的比较相似。不过他们也有在利用j5这个基于软件的新工具,它能够自动完成DNA的组合与设计。而且他们已经做出了一个能够支持合成生物学开放语言(Synthetic Biology Open Language)的设计工作区,该语言是一个能够帮助合成生物学家和基因工程师共享DNA设计的开放标准。
跟这个领域的其他公司一样,TeselaGen会向学术机构免费提供他们的产品,并向商业客户收取使用年费。
现在该公司得到了来自国家科学基金会(National Science Foundation)的支持,并获得了该基金会提供的100万美元的小型企业创新研究(Small Business Innovation Research)补助。(译:consideRay)